Tot i que a l'Owen Wilson li agrada mantenir la seva vida privada, fa poc va parlar de com és ser un pare solter. No obstant això, s'està encalent per la seva relació (o la seva manca) amb la seva filla.
Wilson té tres fills, cadascun amb mares diferents. Recentment va parlar amb Esquire del seu temps amb els seus fills. Segons la revista, té els nois en un "horari d'un sol pare", que no va explicar més. Va descriure el seu temps per cuidar-los tallant-los les ungles, explicant-los contes per anar a dormir i fent-los entrepans.
E! Notícies va publicar la història de l'entrevista de Wilson a la seva pàgina d'Instagram el 21 d'agost, però els usuaris d'Instagram van rebre la calor.
Molts usuaris d'Instagram van mencionar la seva filla i com és un pare absent per a ella. Wilson no va mencionar la seva filla a la recent entrevista amb Esquire.
Wilson té una filla anomenada Lyla, que només té dos anys. La mare de Lyla és Varunie Vongsvirates, amb qui Wilson va sortir casualment durant cinc anys.
Vongsvirates va dir al Daily Mail que Wilson no ha conegut mai la seva filla i que "no està involucrat en absolut" a la seva cura. Ella el va criticar, afirmant que interpreta el paper d'un pare a la pantalla, però que s'ha descuidat d'encarnar-ne un al seu fill a la vida real.
Wilson va fer una prova de paternitat voluntària el 2020, que va confirmar que és el pare de Lyla. Suposadament, paga 25.000 dòlars al mes en manutenció dels fills per a la seva filla. Quan se li va preguntar a Vongsvirates què li diria a Wilson, va dir: "Hauries de veure la teva filla, és increïble, t'estàs perdent. S'assembla a tu."
Wilson no ha fet cap comentari sobre aquest article des que va sortir al maig.
El fill de Wilson, Robert, té 10 anys i la seva mare és Jade Duell. Duell és un funcionari del govern dels Estats Units i una antiga xicota de Wilson. Els dos es van dividir l'any que va néixer el seu fill. Wilson també té un altre fill, Finn, que té set anys, amb Caroline Lindqvist, que també és l'entrenadora personal de Wilson.